下肥が、農作物の肥料として役立つことがわかったのは、戦国時代といわれています。そして、江戸時代初期に刊行された日本初の農書『清良記』に人糞、鳥糞などが肥料として紹介されています。
　下肥の値段も、江戸時代初期まで無料でしたが、正徳・享保年間（1711～1736）頃より値がつくようになり、農民は町家と契約して便所一壺につき幾らというように支払うか、野菜の現物と交換する形で買い取っていたようです。その後、下肥の値段が寛政年間(1789～1801）の初め一艘三分だったのが、天保年間(1830～1844）には一両三分にまで値上がりしています。
　困った武蔵・下総の農民たちは、下肥値下げの嘆願書を出しています。その嘆願書の中に、神奈川領樽村（横浜市港北区樽町）の農民の名が見られることから、港北地域の農民も江戸市中迄下肥を汲取りに出かけていたようです。そして、買った下肥を葛西舟で、鶴見川を利用して運んだと想像されます。葛西舟とは、江戸の東部から北部は水路が発達していたので、葛西方面に多くの舟で大量に下肥を運んだ為、下肥運搬舟の代名詞として葛西舟と呼ばれるようになっていました。

　安政6年(1859)横浜開港後、横浜の市街地の下肥の汲取りは指定業者が行っていましたが、人口の増加で指定業者だけでは追い付かず、近隣の農家も戸別収集を行っていたようです。北綱島村名主飯田助太夫も、慶応3年(1867)に都筑郡大棚村ほか10ケ村の開墾を幕府に建白し、大棚村らの開墾用肥料として屎尿処理を行うようにして肥料会社を設立しました。その頃の下肥集積場が、現在の横浜市役所附近にあり、その場所から舟積みされた下肥は、鶴見川の綱島河岸や太尾河岸などに運ばれたそうです。
　その後、下肥の汲取り管理は市に移管され、また民間に移ると制度が二転三転していきました。港北地域はでの下肥運搬は、制度が変わっても業者の舟が鶴見川を利用して行っていました。その下肥舟も衛生上問題があるということで、明治23年(1890)に東京府が悪疫防止のために下肥舟の構造を規定しています。

　大正中期頃より、下肥運搬は下肥舟と共に、陸上では牛車が普及していきました。一方、化学肥料が出来てきたので下肥の商品価値が低下していきました。この状況を憂え、橘樹郡、都筑郡の有志が集まり会合を重ね（大正10年1月4日綱島東照寺、12日菊名法隆寺、15日新羽専念寺）、従来屎尿代金として支払っていたものを汲取り料として、取るべきだという意見でまとまったようです。
　1月18日、橘樹郡・都筑郡有志14名が神奈川県知事、横浜市長に、陳情書「糞尿汲除相当賃銭請求の件」を提出しています。交渉は、難攻して3月5日から30日間汲取り停止のストに入っています。3月12日頃より影響が出だし、再交渉の結果、近距離は無料、遠距離は有料で解決しています。
　昭和に入り下肥の汲取りは、市が監督し業者が汲取りするようになり、料金も1桶25銭に統一されました。
　その後、戦争になり化学工場の軍需工場への転換及び化学肥料工場被災により、化学肥料の生産ができなくなり、下肥の価値が上がっていきました。戦時中は、下肥舟も減少し農家による汲取りが中心になっていたようです。
　戦後、業者による下肥舟が復活されると共に、農家による汲取りも盛んに行われるようになりました。
　当時の様子を、新羽町の中山宏さんは次のように語っています。
　「下肥舟は、昭和20年代まで太尾河岸まで来ていた。舟は槽が2つか3つに仕切られていた。下肥が必要な場合は、事前に申し込んで順番がくると、リヤカーなどに桶を積んで新羽側の太尾河岸に取りにいった。自分で取りに行き、備え付けの桶でアオリ板の上を天秤棒で担ぎ自分の桶まで運んだ。バランスを崩しアオリ板より鶴見川に落ちる人もいた。下肥の代金は、桶一杯いくらで世話人に支払った。
　それ以外に、神奈川の中央市場近くの10軒程の民家に汲取りにいった。」
　昭和20年代後半～30年代頃から下肥は、農家に歓迎されなくなり、海上投棄されるようになりました。また、陸上輸送もバキュームカーに変わっていき、鶴見川舟運として最後まで残っていた下肥舟も消えていきました。